本中心成立主要使命為協助雲嘉南之縣市政府、監理所(站)等相關公共運輸機關之人員進行所應具備專業課程之培訓及透過個案輔導以改善公共運輸相關議題。

        經由區域運輸發展研究中心作為地方政府與業者間溝通協調之橋樑，並提供縣市政府與產業界諮詢服務平臺，以發掘雲嘉南區域公共運輸相關議題，共同規劃攸關區域整體運輸發展的事項並透過區域運輸中心運作機制之加乘效果以強化向政府部門提案之能力及可行性。